To były burzliwe czasy dla całej Warmii. Podczas ostatniej wojny Polski z Krzyżakami kolejne obszary regionu były zajmowane przez wojska zakonne. Olsztynowi udało się jednak tego uniknąć.

- Jak wszystkie wojny z zakonem tak i ta swoje źródło miała w walce o dominację nad rejonem basenu Morza Bałtyckiego, okna na świat Królestwa Polskiego - czytamy w okolicznościowym tekście opublikowanym na stronie Muzeum Warmii i Mazur w Olsztynie. - Jak zwykle, Zakon postarał się by konflikt nabrał charakteru nie tylko zwykłej waśni sąsiedzkiej, ale sporu o znaczeniu regionalnym.

Braniewo, następnie Frombork, a potem prawie cała Warmia dostawały się w ręce Zakonu Krzyżackiego. Nic dziwnego, że Olsztyn nie mógł czuć się bezpiecznie. Nawet mimo przybywania kolejnych sił, które miały bronić miasta.

- Wrogie wojska były już w Dobrym Mieście, a stąd do Olsztyna niedaleko - mówił w odczycie z okazji 500-lecia przybycia Kopernika do Olsztyna wykładowca akademicki, ks. Andrzej Kopiczko. - Trzeba było szybko wzmocnić załogę na zamku, zdobyć broń, szukać wsparcia u polskiego króla Zygmunta.

26 stycznia 1521 roku w kierunku Olsztyna wybrał się krzyżacki oddział z okolic Dobrego Miasta. Celem miało być odzyskanie wcześniej straconego bydła. Zaciężni pod Olsztynem rozbili oddział polskich konnych, a później próbowali sforsować bramy. Mimo wyłamania pierwszej furty, z powodu braku drabin nie zdołali wspiąć się na mury i wedrzeć do miasta.

Gdy minęło krzyżackie zagrożenie Kopernik wrócił do swej pracy - lokował osadników m.in. w Likusach, Jonkowie, Redykajnach czy Klebarku Wielkim. W połowie czerwca 1521 roku wrócił do Fromborka. Olsztyn odwiedzał jeszcze później, ale już jako wysłannik kapituły.

Mikołaj Kopernik na Warmii spędził większość swego życia - aż 40 lat. W latach 1516-19 oraz 1520-21 przebywał w Olsztynie, był administratorem dóbr kapituły warmińskiej. W naszym mieście prowadził m.in. badania astronomiczne, czego pozostałością jest najprawdopodobniej jedyny na świecie zachowany przyrząd badawczy wykonany ręką uczonego - tablica astronomiczna, napisał też rozprawę o reformie pieniądza.