Wszystkie cztery perony zostaną podwyższone i poszerzone, co umożliwi wygodny dostęp do pociągów. Zamontowane zostaną nowe ławki i tablice informacyjne. Czytelne oznakowanie ułatwi orientację na stacji. Informacje o rozkładzie jazdy będą prezentowane na wyświetlaczach w infokioskach oraz przez nowe nagłośnienie.
Osoby o ograniczonych możliwościach poruszania się zyskają lepszą dostępność na perony. Ułatwieniem będą windy na każdy z peronów oraz schody ruchome. Dobrą orientację na stacji dla osób niewidzących lub słabowidzących zapewnią ścieżki naprowadzające oraz oznaczenia w języku Braille’a. Antypoślizgowa nawierzchnia i funkcjonalne oświetlenie zapewnią bezpieczne poruszanie się po peronach także po zmroku. Zabytkowe wiaty zostaną poddane renowacji. PKP Polskie Linie Kolejowe S.A. ogosiły właśnie przetarg na przebudowę stacji PKP Olsztyn Główny. – W Olsztynie, podobnie jak w Gdańsku, Rzeszowie, Szczecinie czy Lublinie, podróżni  zyskają wygodniejsze i sprawniejsze podróże oraz funkcjonalny węzeł komunikacyjny. Dzięki inwestycjom z Krajowego Programu Kolejowego, także na Warmii i Mazurach w ostatnich latach przebudowaliśmy 40 stacji i przystanków zwiększając dostępność do kolei czyli szybkiego i ekologicznego transportu. Już przygotowujemy kolejne inwestycje – mówi Ireneusz Merchel, prezes Zarządu PKP Polskich Linii Kolejowych S.A.
Prezes Merchel dodaje, że jednym z celów inwestycji będzie zapewnienie dostępu na perony również od strony ul. Marii Zientary-Malewskiej. PLK wybudują nowe przejście podziemne o długości 140 metrów o 100 metrów dłuższe niż obecne. Przejście będzie szersze oraz wyższe.

Przebudowa stacji Olsztyn Główny jest kolejnym etapem w ramach projektu „Prace na linii kolejowej nr 216 na odcinku Działdowo – Olsztyn”. Szacunkowa wartość projektu przebudowy stacji Olsztyn Główny to ponad 200 mln zł. Zakończenie inwestycji planowane jest na 2023 rok. Przebudowa stacji jest dofinansowana ze środków Unii Europejskiej w ramach Programu Operacyjnego Polska Wschodnia.